製作VASP結構優化過程動畫

方法1.使用 VTSTtools 生成 movie.xyz 檔，再使用JMOL軟體查看。

• vtstscript資料夾中複製xdat2xyz.pl至計算結構優化的資料夾底下，並執行xdat2xyz.pl。

./xdat2xyz.pl

• 請注意，結構優化資料夾底下需有POSCAR、OUTCAR及XDATCAR這三個檔案。
• 若出現Permission denied的訊息，需更改檔案權限。

chmod 700 xdat2xyz.pl 或

chmod u+x xdat2xyz.pl

• 生成movie.xyz檔。
• 使用JMOL軟體打開movie.xyz檔案，查看結構優化動畫。
• JMOL download page:

https://sourceforge.net/projects/jmol/

• 打開Jmol.jar→檔案→開啟→選擇movie.xyz→工具→動畫。

方法2.使用 VASPKIT 生成 XDATCAR.pdb 檔，再使用OVITO軟體查看。

• 在結構優化的資料夾下，執行vaspkit。
• 選擇405) Converte XDATCAR to PDB Format for Animation。
• 請注意，結構優化資料夾底下需有POSCAR及XDATCAR這兩個檔案。
• 生成XDATCAR.pdb檔案。
• 使用OVITO軟體打開XDATCAR.pdb檔案，查看結構優化動畫。
• 下載安裝OVITO:

https://www.ovito.org/

• 開啟OVITO→File→Load File→選擇XDATCAR.pdb。
• 按空白鍵開始動畫，或點選界面下方▶。

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VASP結構優化過程的Force變化量

若進行結構優化時，將EDIFFG設定為負值，是以力作為收斂標準。

EDIFFG的說明可參考Vaspwiki的說明:

https://www.vasp.at/wiki/index.php/EDIFFG

觀察結構優化過程中力的變化量，方法如下：

• 至下列網站下載VTSTtools工具包，解壓縮後的得到vtstscripts-***的資料夾。

https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts.html

• 在vtstscripts-***的資料夾中找到下列3個檔案：vef.py、vef.gnu以及aselite.py，並將這三個檔案複製到結構優化進行的資料夾中。

• 執行vef.py

./vef.py

• 若出現Permission denied的訊息，需更改檔案權限。

chmod 700 vef.py 或
chmod u+x vef.py

關於chmod指令的使用，可至鳥哥的Linux私房菜網站學習：
http://linux.vbird.org/linux_basic/0210filepermission.php

• 順利執行後，畫面顯示如下圖所示的4行數值。

由左至右的數值分別為：步數、力的變化量、總能，以及相較於初始結構，能量的差值。

1. 步數：相較於OSZICAR的步數，這邊顯示的步數會少一步。例如這邊顯示的第5步，是OSZICAR中的第6步。
2. 力的變化量：若EDIFFG=-0.05，如上圖所示，進行到第71步時即達到力的收斂標準。
3. 總能
4. 能量差值：第0步時值為0，第71步時值為-1.72255，意思是當結構優化走了71後，此時系統的總能較初始結構的總能降低了-1.72255eV。

另外，這些資料也會存在fe.dat檔案中。

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在Linux環境使用VASPKIT

• 至以下網站下載VASPKIT的壓縮檔，例如：vaspkit.1.00.linux.x64.tar.gz

http://vaspkit.sourceforge.net/

• 將壓縮檔移至欲放置的資料夾，例如：/home/n56069999
• 解壓縮得到一個vaspkit的資料夾，例如：vaspkit.1.00

tar -zvxf vaspkit.1.00.linux.x64.tar.gz

• 在相同資料夾下輸入以下指令

cp -f how_to_set_environment_variable ~/.vaspkit

echo 'export PATH=/home/n56069999/vaspkit.1.00/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

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