製作VASP結構優化過程動畫

方法1.使用 VTSTtools 生成 movie.xyz 檔，再使用JMOL軟體查看。

• vtstscript資料夾中複製xdat2xyz.pl至計算結構優化的資料夾底下，並執行xdat2xyz.pl。

./xdat2xyz.pl

• 請注意，結構優化資料夾底下需有POSCAR、OUTCAR及XDATCAR這三個檔案。
• 若出現Permission denied的訊息，需更改檔案權限。

chmod 700 xdat2xyz.pl 或

chmod u+x xdat2xyz.pl

• 生成movie.xyz檔。
• 使用JMOL軟體打開movie.xyz檔案，查看結構優化動畫。
• JMOL download page:

https://sourceforge.net/projects/jmol/

• 打開Jmol.jar→檔案→開啟→選擇movie.xyz→工具→動畫。

方法2.使用 VASPKIT 生成 XDATCAR.pdb 檔，再使用OVITO軟體查看。

• 在結構優化的資料夾下，執行vaspkit。
• 選擇405) Converte XDATCAR to PDB Format for Animation。
• 請注意，結構優化資料夾底下需有POSCAR及XDATCAR這兩個檔案。
• 生成XDATCAR.pdb檔案。
• 使用OVITO軟體打開XDATCAR.pdb檔案，查看結構優化動畫。
• 下載安裝OVITO:

https://www.ovito.org/

• 開啟OVITO→File→Load File→選擇XDATCAR.pdb。
• 按空白鍵開始動畫，或點選界面下方▶。